Il devient ingénieur à bord du Voyager lors du périple du vaisseau dans le quadrant Delta. Le Capitaine Janeway a en effet décidé de fusionné les équipages du Voyager et des maquisards.
À l'instar de Seska, il trahit l'équipage de son propre bâtiment pour le compte des Kazons tout d'abord en vendant des informations confidentielles, puis en sabotant certains systèmes de la salle des machines du Voyager.
Démasqué par Neelix, il tente de le tuer. Mais Neelix réussit, après une courte bataille à faire basculer Jonas par-dessus la rambarde, celui-ci est alors vaporisé par une fuite de plasma provoquée par leur affrontement.
Sisko, Odo, Dax et Garak sont retrouvés inconscients dans leur Runabout. Tandis que Bashir tente de réanimer leurs corps, ceux-ci se réveillent dans le passé, pendant l'occupation Cardassianne, à l'époque où Deep Space Nine était connu sous le nom de Terok Nor, 7 ans en arrière.