L'odyssée sort de l'hyperespace, en direction d'Atlantis. A son bord, Daniel est particulièrement excité car il s'agit de sa première visite sur la cité. Sur le pont du vaisseau, l'équipe regarde le spectacle qui s'offre à elle.

Une fois le pied posé sur la cité, Sg-1 briefe Sheppard, Weir et McKay sur la situation dans la Voie Lactée et sur la SuperPorte des Ori, restée inactive depuis le premier assaut (cf. « La Première Vague »). Cependant, selon les dernières informations obtenues, les Prieurs promettent l'arrivée de renfort. Carter suggère alors de contacter la SuperPorte depuis la galaxie de Pégase afin d'empêcher l'arrivée massive de nouveaux soldats, mais pour McKay ce plan semble impossible car il existe un risque important de destruction de la Porte appelante. Daniel explique alors qu'ils comptent utiliser une autre Porte pour transmettre l'énergie à la SuperPorte, et que Teal'c se trouve sur place pour superviser les opérations. Mitchell rappelle alors que le SGC a déjà utilisé une méthode similaire pour couper le vortex qui le reliait à une Porte aspirée par un trou noir (cf. « Une Question de Temps). McKay manifeste alors ses doutes vis-à-vis de cette mission, prétextant qu'ils auront besoin de son aide pour y parvenir.

Une fois la réunion terminée, d'un ton ironique, Sheppard met en garde Mitchell sur Rodney. Puis il lui remet un citron, lui rappelant que le scientifique y est mortellement allergique. De son côté, Daniel reste avec Vala sur la cité afin de parcourir la base de donnée des Anciens et d'y trouver des indices relatifs à l'arme de Merlin. Sur un balcon, Vala contemple la cité avec admiration, et non sans un certain intérêt pour les trésors qu'elle peut contenir. Weir leur explique qu'ils n'ont exploré que la moitié de la cité, mais qu'ils savent tout ce qu'elle contient grâce aux plans laissés par les Anciens.

Tous les trois se dirigent ensuite vers la salle de l'hologramme. Weir explique à Daniel que ses précédentes recherches sur les planètes supposées abriter l'arme n'ont rien donné.

A bord de l'Odyssée, Carter vérifie les armes nucléaires qui serviront pour son plan. McKay en profite alors pour la remercier de lui avoir sauvé indirectement la vie (cf. « L'Ivresse des Profondeurs »). Embarrassée, Carter lui demande de vérifier ses calculs.

Dans la salle de l'hologramme, Weir explique au Dr Jackson le fonctionnement de l'appareil.

De son côté, l'Odyssée s'approche du trou noir. Mitchell regarde avec admiration le trou noir, mais Rodney ne peut pas s'empêcher de lui faire une petite leçon de science. La Porte des étoiles est lancée d'une des soutes de l'appareil, et se dirige vers le trou noir.

De son côté, Daniel explore la base de données des Anciens en commençant par localiser la Terre et Taonos sur la carte. L'hologramme explique qu'il s'agissait d'une cité des Anciens, et que la planète fut abandonnée lorsque les habitants apprirent que le soleil était proche de l'extinction. Vala taquine Daniel sur ses méthodes d'investigation assez laborieuses. Finalement, il demande où se trouvent Sahal et Castiana. A la surprise générale, les adresses de deux planètes apparaissent sur la carte.

A bord de l'Odyssée, toute l'équipe se tient prête pour effectuer un premier essai. Une fois le vortex établi et pris quelques nouvelles de Teal'c, la première ogive est lancée mais l'énergie dégagée n'est pas assez suffisante pour ouvrir un vortex sur la SuperPorte.

Dans la salle de l'hologramme, Daniel reste très perplexe face à la réponse de la machine qu'il juge beaucoup trop rapide. Il demande ensuite à voir les archives des Anciens qui sont partis vers la Terre.

A bord de l'Odyssée, McKay et Samantha se disputent au sujet des calculs sur l'énergie nécessaire pour réaliser l'opération. Cameron lui met alors une pression supplémentaire en flattant son ego et en le menaçant avec le citron.

Sur la cité, Daniel parcourt toujours la base des Anciens, au grand désespoir de Vala. Mais soudain, ils reconnaissent un visage : celui de Merlin (ou Moros ou Myrdin). Puis en posant une autre question à l'hologramme, Daniel comprend qu'il s'agit en fait d'une Ancienne qui leur parle. La femme leur suggère alors d'agir avec les réponses qu'elle leur a fournies.

A bord du vaisseau, Rodney fait part de sa récente découverte : ils leur faut une durée d'explosion plus importante. Pour cela, ils comptent utiliser deux bombes avec un léger décalage. Mais Emerson est inquiet car chaque explosion rapproche la Porte, et par ricochet le vaisseau, du trou noir.

Sur Atlantis, Radek informe le Dr Weir que les capteurs ont détecté un vaisseau ruche en approche de l'Odyssée. Elle contacte alors le SGC pour les en informer et pour qu'ils transmettent l'information à Teal'c. Mais cela va leur prendre un peu de temps.

De son côté, Daniel essaie toujours de contacter l'Ancienne avec qui il parlait : « Morgane la Fée ». Weir fait alors son entrée dans la pièce et demande quelques explications, mais doute sérieusement de lui. Daniel demande alors à voir la dernière phrase prononcée par l'hologramme avant la fin de la session précédente. Puis Daniel demande combien d'énergie est utilisée actuellement par la salle. En salle de contrôle, le technicien leur répond qu'aucune énergie n'est actuellement utilisée par la salle. C'est alors que Morgane interagit avec eux.

De son côté, Teal'c reçoit un message de Mitchell l'informant de la nouvelle tentative qui va être réalisée. Hélas cet essai est encore un échec. McKay décide alors que le dernier essai doit se faire à pleine puissance. Mais Emerson leur explique que s'ils se rapprochent encore plus du trou noir, ils navigueront complètement à l'aveugle. Teal'c les informe alors qu'un vaisseau Ori s'approche de la SuperPorte.

Dans la cité, Weir et Jackson interrogent Morgane. Vala essaie de lui soutirer des informations, mais les lois des êtres élevés interdisent toutes interférences avec des plans d'existences inférieurs. Daniel remet alors en cause son intégrité en lui rappelant que selon la légende, elle était une ennemie de Merlin. Elle explique alors qu'une fois arrivés sur Terre, certains Anciens ont semé les premières graines de grandes civilisations, d'autres ont rejoint la Porte du pôle sud et une poignée a opté pour la méditation et l'isolement. Mais voyant la menace des Ori, Merlin a repris forme humaine, en gardant ses pouvoirs. Mais Daniel reste septique sur la collaboration de Morgane.

Pendant ce temps, Teal'c passe son vaisseau en mode furtif, tout en se rapprochant de la Porte afin de la cacher.

De son côté, Morgane essaie de convaincre Daniel du bien-fondé de sa démarche. Daniel en profite alors pour faire passer un message aux autres êtres élevés sur la menace des Ori.

Dans la Voie Lactée, le vaisseau Ori arrive en position. Teal'c reçoit alors un message de Sg-11 l'informant pour le vaisseau Wraith.

Du côté du trou noir, le vaisseau ruche sort de l'hyperespace.

Pendant ce temps, Daniel poursuit sa discussion avec Morgane. Il découvre alors qu'elle a peur d'être punie pour les avoir aidés.

Teal'c prévient l'Odyssée de l'arrivée du vaisseau ruche, mais les détecteurs du vaisseau ne captent rien. Le vaisseau s'éloigne du trou noir, mais il essuie alors une rafale de tirs provenant du vaisseau ennemi. Carter suggère alors de repartir vers le trou noir pour que leurs systèmes soient aussi affectés par le trou noir. De plus, la gravité leur permettra de fuir plus rapidement.

Daniel essaie de convaincre Morgane de lui donner une réponse claire, afin qu'elle serve d'exemple aux siens. Vala lui demande alors sur quelle planète ils doivent se rendre, sur le point de répondre, Morgane disparaît, rappelée par les siens.

De son côté, l'Odyssée subit les tirs du vaisseau ruche. Sam prévient Teal'c que sa dernière tentative risque de faire exploser les deux Portes. Teal'c désactive l'occultation de son vaisseau, et celui des Ori se rapproche alors de lui. Poursuivi par le vaisseau ruche, l'Odyssée arrive à téléporter les 2 dernières ogives dans le vaisseau ruche quand celui ci surplombe la Porte. L'explosion engendrée permet alors d'ouvrir un vortex avec la SuperPorte et détruit aussi le vaisseau Ori qui la survolait à cet instant.

Sur un balcon de la cité, en pleine nuit, Vala essaie de réconforter Daniel. Mais il ne peut se résoudre à savoir que les êtres élevés ne les aideront pas dans cette guerre.