James Kirk, Le Dr Leonard McCoy et Spock se téléportent sur une planète qui ressemble à la terre et y découvre un obélisque alien.  Curieusement, les autochtones semblent être des Amérindiens vivant en tribus.  Alors qu'il est seul en exploration, James Kirk tombe dans une trappe, puis un rayon lumineux efface sa mémoire; avant que les membres de l'équipe aient pu le repérer, l'U.S.S. Enterprise NCC-1701 doit quitter son orbite pour essayer de détourner un astéroïde.  Pendant ce temps, Kirk découvre que des légendes locales évoquent un dieu qui aidera la population à échapper à un désastre.  Il sauve la vie d'un garçon que l'on croyait mort par noyade: les habitants sont persuadés d'avoir trouvé leur dieu.

Le capitaine est choisi comme sorcier de la tribu.  En tant que tel, il doit épouser la princesse Miramanee.  Il est défié par Salish, qui était sorcier avant l'arrivée de l'étranger.  James Kirk remporte le duel, mais Salish refuse de croire en sa nature divine.  Plus tard, Kirk avoue à sa jeune épouse qu'il rêve d'un navire voguant dans l'espace.  Il sent que sa place est là-haut; elle lui révèle alors qu'elle est enceinte.
A bord de l'Enterprise, Spock déchiffre le message de l'obélisque; il s'agit d'un déflecteur d'astéroïdes laissé sur place par des êtres appelés "Préservateurs", qui secouraient les cultures en péril d'extinction.  Il faut retourner sur la planète pour réparer cette machine.
Une tempête signale l'approche de l'astéroïde.  Kirk se rend dans l'obélisque sans savoir que faire; Salish rassemble la tribu pour l'inciter à lapider Kirk, taxé de duplicité, et la princesse Miramanee.  McCoy et Spock surviennent.  Ce dernier rend la mémoire à Kirk au moyen d'une fusion mentale.  Supputant que les tonalités du communicateur et un appel lancé au vaisseau vont ouvrir l'obélisque, Spock active la séquence; l'astéroïde est détourné.  Le capitaine Kirk annonce à Miramanee, mortellement blessée lors de la lapidation, que la planète est sauvée.  Ils échangent de déchirants adieux, puis elle s'éteint avec l'enfant qu'elle portait.