1978-1979 Après mille ans de guerre, Le peuple des Douze Colonies est vaincu par ses ennemis les cylons avec l'aide d'un traître, Baltar. Les survivants parviennent à fuir en formant une flotte hétéroclite sous la protection du dernier vaisseau de combat, le battlestar Galactica. Ils se mettent à la recherche de la mythique 13e colonie, portant le nom de Terre, poursuivis par une flotte de cylons qui cherchent à attaquer et détruire le Galactica et le convoi de survivants...
1980 Après un long et périlleux voyage, la flotte dirigée par le vaisseau Galactica arrive en vue de la planète Terre. Cependant, les terriens ne semblent pas technologiquement assez avancés pour faire face à une attaque Cylon. Pour éviter de mettre la planète en danger, la flotte reste à l'écart et envoie un petit groupe d'éclaireurs pour ″préparer″ les terriens face à la menace Cylon...
2003-2010 Le vieux battlestar Galactica, qui a rendu de fiers services lors de la première guerre contre les Cylons, des robots créés par les humains, est sur le point d'être démilitarisé et transformé en musée. C'est le moment que choisissent les Cylons pour réapparaître et ravager à nouveau les douze colonies humaines. Seul l'antique Galactica parvient à résister à l'attaque et devient ainsi l'unique escorte militaire d'une flotte spatiale hétéroclite regroupant les derniers survivants de l'humanité. La flotte de réfugiés part alors en quête d'une mythique treizième colonie qui porterait le nom de ″Terre″ tandis que les cylons se lancent à leur poursuite, déterminés à les exterminer...
2007 À la veille d'une attaque Cylon dévastatrice, l'ambitieux officier Kendra Shaw se présente à bord du Battlestar Pegasus. Puis tout l'enfer se déchaîne. Avec l'avenir de l'humanité en jeu, Kendra laisse son impitoyable commandant, l'amiral Cain, se transformer en un instrument de guerre - un soi-disant « rasoir ».
2010 Caprica avant la rédaction et la ratification des ″Articles de la Colonisation″ destinés à unir les douze planètes et créer les Colonies Unies de Kobol. Le système stellaire est alors en paix et ses habitants vivent dans des sociétés qui ne sont pas tellement différentes des nôtres. Une Secte monothéiste fait exploser un train, causant la mort de bon nombre de personnes. Mais l'importance de la technologie et une avancée considérable en robotique permetra peut-être de réaliser un vieux rêve : concilier intelligence artificielle et corps mécaniques à travers les premiers robots vivants...
2012 Adama, jeune recrue de l'Académie est assigné au tout nouveau battlestar de la flotte coloniale : Le Galactica. Husker et son copilote Coker Fasjovik reçoivent une mission ayant pour but d'escorter une jeune femme, le Dr Kelly, à bord d'un rapace. Il se trouve que cette femme possède des informations importantes concernant certains secrets Cylon...
"Nous sommes en guerre, vous êtes entrainé pour cela, vous êtes prêt pour cela."
Le mouvement de résistance se dépêche pour sauver les dissidents de l'exécution programmée, alors que le Galactica se prépare à sauver les humains sur Nouvelle Caprica. Une copie de Numéro Trois a une crise de foi et visite un oracle humain qui lui dit que Héra, l'enfant hybride, est vivante.