En 2257, le commandant Sinclair et les officiels de Babylon 5 s'apprêtent à accueillir l'ambassadeur Kosh du puissant et mystérieux Empire Vorlon. Mais à peine celui-ci est-il arrivé sur la station, qu'il est victime une tentative d'assassinat: au Medlab, le docteur Kyle ne peut rien faire étant donné que Kosh est enfermé dans une sorte de carapace protectrice et que l'Empire Vorlon refuse catégoriquement qu'elle soit ouverte.
Dix ans avant la création de la station Babylon 5, une guerre dévastatrice éclate sur un simple malentendu entre les humains et le peuple Minbari. Ils s'affrontent dans une guerre sans merci qui ne pouvait se terminer que par l'extermination totale de l'humanité. La genèse de Babylon 5 nous est contée par l'Empereur des Centauri, London Molari, qui, 35 ans auparavant, a failli provoquer la disparition de la race humaine. La découverte d'une bouleversante vérité apporta une paix inespérée et signe l'avènement de la Station Spatiale Babylon 5…
Une patrouille de Babylon 5 découvre un gigantesque engin dérivant dans l'espace. Remorqué, l'appareil inconnu reste imperméable à toute analyse. Il semble en panne. Une scientifique, envoyée par la Terre, qui a pourtant rompu toutes relations diplomatiques avec Babylon 5, demande à l'examiner. Le commandant accepte, à contre-coeur. Au fur et à mesure que les recherches avancent, des troubles éclatent sur la station, où des quidams sont victimes d'hallucinations terrifiantes.
Quelques mois après les événements cataclysmiques qui secouèrent l'univers, la quiétude semble revenue sur Babylon 5. C'est du moins ce que croit son capitaine, Elizabeth Lochley. Mais cette dernière se trompe lourdement... Garibaldi, l'ancien responsable de la sécurité laisse entrer dans la station un archéologue, le docteur Bryson. Sait-il seulement que ce scientifique a en sa possession les âmes de défunts ? Et lorsqu'un mystérieux chasseur d'âmes réclame au nom des siens la technologie dérobée par Bryson, les événements vont prendre une tournure dramatique...
À force de combats sans merci contre les ennemis de l'humanité, la station Babylon 5 a su imposer cinq années de paix. Mais les émissaires des forces maléfiques comptent régner en maîtres. Le technomage Galen a prédit une attaque des alliés des Ombres. Or les Drakh ont de toute évidence pris la Terre pour cible...
Les Rangers, un ordre de guerriers prêtres, errent dans l'ombre des étoiles depuis plus de mille ans, protégeant des centaines de mondes de l'invasion et de la destruction. Mais aujourd'hui une nouvelle menace alien surgit à l'horizon de l'Alliance Interstellaire, une force plus ancienne et plus puissante qu'aucune autre rencontrée à ce jour. Il réside un seul obstacle sur le chemin de cette nouvelle race : un simple vaisseau Ranger sous le commandement de David Martel dont les ordres sont d'escorter l'Ambassadeur G'Kar qui se rend à une conférence interstellaire.
Les temps changent. Les dangers demeurent. 10 ans après qu'il soit devenu président de l'alliance interstellaire, Sheridan se prépare à une réunion fatidique. Babylon 5 pourrait empêcher le sort malheureux imminent de la Terre... S'il accepte d'oublier ses principes de base. En attendant, le commandant Lochley découvre un intrus inattendu sur la station - un être dont la présence fait de Babylon 5 le carrefour entre le ciel et l'enfer...
John Sheridan se retrouve inopinément transporté à travers de multiples lignes temporelles et réalités alternatives. En chemin, il retrouve des visages familiers et fait de nouvelles révélations sur l'histoire, le but et le sens de l'univers.
"Une nuit, vous vous réveillerez et vous sentirez nos dents dans votre cou. Dormez bien, Ambassadeur... d'un sommeil léger."
L'équipage de l'Excalibur découvre un extra-terrestre qui fouille dans les profondeurs de leurs âmes pour guérir la douleur des blessures émotionnelles en les faisant recevoir leurs secrets les plus sombres.