La dyspepsie fonctionnelle est une gêne, un inconfort ou une douleur principalement localisée dans le centre de l'abdomen supérieur (région médiane sus ombilicale). Sont donc exclues de ce cadre symptomatique, les douleurs de l'hypochondre droit et gauche. Ce signe peut être isolé ou associé à une sensation de plénitude de l'abdomen supérieur, un sentiment de satiété précoce, un météorisme, des nausées.
Ce diagnostic doit être distingué du reflux gastro-œsophagien fonctionnel ou organique caractérisé principalement par des brûlures rétro sternales et du colon irritable. Par convention, tout patient présentant des signes dyspeptiques et une brûlure rétro sternale sera considéré comme souffrant de reflux gastro-œsophagien. De même, tout patient présentant des signes dyspeptiques associés à une modification de la forme ou de la fréquence des selles ou soulagés par la défécation sera considéré comme porteur d'un colon irritable. Dans le cas contraire, dyspepsie fonctionnelle et colon irritable peuvent coexister chez un même patient.
Par ailleurs, on ne pourra parler de dyspepsie fonctionnelle que lorsque les causes organiques pouvant être responsables des signes de la dyspepsie fonctionnelle auront été éliminées, au premier rang desquelles l'ulcère et le reflux gastro-œsophagien.
Il est classique de considérer trois types de patients dyspeptiques :
1. Ceux dont l'origine de la pathologie a été identifiée : ulcère peptique, reflux gastro-œsophagien, tumeur gastro-duodénale, pathologie bilio-pancréatique, iatrogène (effet secondaire des médicaments).
2. Ceux ou des anomalies ont été montrées mais dont la pathogénicité demeure incertaine : infection par Helicobacter pylori, duodénite histologique, lithiase vésiculaire, hypersensibilité à la distension, trouble moteur gastro-duodénal,
3. Ceux ou aucune explication n'a été trouvée pour expliquer la dyspepsie. Ces patients relèvent du diagnostic de dyspepsie fonctionnelle.
En Date Stellaire 51462, Le lieutenant Paris (remplaçant provisoirement le Docteur HMU parti dans le Quadrant Alpha) rencontre plusieurs cas de dyspepsie fonctionnelle aigüe consécutives aux essais culinaires de Neelix, le quel avait servi aux membres d'équipage ce qu'il qualifie de "Chili Ultra-Pimenté qui Arrache". De fait, celui-ci voulant étudier la cuisine américaine classique a comme à son accoutumée adapté la recette en y incorporant du Jalapenos en grandes quantités. Thomas Paris donnera simplement aux victimes de Neelix de l'antacide, le quel les soulagera rapidement de leurs brûlures d'estomac.