Né au début des années 1960, il fait partie d'un groupe de "surhommes" issus du génie génétique,résultat d'un ambitieux programme de procréation sélective.

Les scientifiques ne perçoivent pas qu'en créant une race supérieure ils créent aussi une ambition démesurée : les "surhommes" estiment que leurs facultés hors du commun leur donnent le droit de régner sur le reste des humains, qu'ils considèrent comme leurs inférieurs. Parvenu à l'âge mûr, au début des années 1990, Khan dirige l'Asie et la moitié du Moyen-Orient, soit plus d'un quart de la planète Terre.

Cependant, loin de s'entendre, les "surhommes" ne cessent de lutter entre eux pour s'arroger le maximum de pouvoir. Ces tyrans vont essuyer une rébellion de la population : la plupart sont condamnés à mort ou périssent lors des terrifiantes guerres eugéniques, qui voient des peuples entiers anéantis sous les bombes, et la planète menacée de sombrer dans un nouvel âge des ténèbres.

Plus de quatre-vingts de ces êtres supérieurs, dont Khan, disparaissent alors sans laisser de traces : pour échapper à la mort, Khan et ses partisans se sont enfuis dans l'espace à bord du S.S. Botany Bay où, cryogénisés, ils voyagent en hibernation.

Nul n'aura plus de nouvelles du vaisseau de Khan pendant plus de deux siècles. C'est en 2267 que l'U.S.S. Enterprise NCC-1701 le retrouve, le capitaine James T. Kirk est forcé de le ramener à la vie, à la suite d'un dysfonctionnement de la chambre cryogénique.

À son réveil, Khan semble amical à l'égard de l'équipage de Starfleet; bientôt, pourtant, ses véritables intentions se font jour. Il séduit l'historienne du vaisseau, le lieutenant Marla McGivers. Son objectif est de ranimer ceux des siens encore en hibernation à bord du Botany Bay . Il obtient l'aide de Marla et s'empare de l'Enterprise. Mais Kirk finit par avoir raison de lui.

L'Enterprise abandonne Khan et ses disciples, parmi lesquels McGivers désormais, sur Ceti Alpha V, planète de classe M inhospitalière, mais habitable. Kirk a offert à Khan un monde à conquérir, sachant qu'un tel défi le tiendra occupé pour le reste de ses jours. Spock s'inquiète néanmoins de cette "graine plantée par Kirk dans la Galaxie, et de ce qu'elle sera devenue dans un siècle. En réalité, Khan va bien plus tôt que cela croiser de nouveau la route de James Kirk.

Quelques années après le départ de l'Enterprise, la planète voisine, Ceti Alpha VI, explose, faisant de Ceti Alpha V un désert invivable. Khan subit quinze ans de souffrance -et la mort de sa femme Marla McGivers- avant d'être retrouvé par l'officier Pavel Chekov et le capitaine Terrel de l'U.S.S. Reliant. Ceux-ci sont à la recherche de la matière pré animée risquant de perturber le programme Genesis.

Khan, furieux de ce que Kirk, devenu entre-temps amiral, n'ait jamais pris de nouvelles de sa planète, rend Chekov et Terrel incapables de résister à sa force de suggestion. Le tyran et ses partisans s'emparent du Reliant, mettent à sac le laboratoire spatial de Regula I où ils dérobent le dispositif Genesis, ce qui provoque un nouveau conflit avec Kirk.

Malgré les dommages que Khan parvient à infliger à l'U.S.S. Enterprise, son intelligence supérieure ne lui permet pas de prendre le dessus sur le tacticien qu'est l'amiral Kirk. Les autres "surhommes" vont bientôt périr à leur tour dans les décombres de l'U.S.S. Reliant.

Blessé à mort, Khan croit vaincre finalement Kirk, en faisant dans un ultime sursaut exploser le dispositif Genesis. Il pense à tort que cet acte causera la mort de Kirk.