Epsilon 3, la planète autour de laquelle Babylon 5 est en orbite, montre soudain des signes d'activités étranges alors qu'elle est censée être déserte. La première navette envoyée pour observer ce qui se passe est attaquée par un système sophistiqué de défense. L'équipage commence alors à penser que la planète est peut-être habitée sous la surface, à plusieurs kilomètres de profondeur. Sinclair et Ivanova décident de se rendre eux-mêmes sur Epsilon 3: vers huit kilomètres sous la surface, ils découvrent des constructions provenant visiblement d'une race très avancée. Toutes ces constructions appartiennent en fait à une gigantesque machine qui contrôle la planète: au coeur de cette machine, Sinclair et Ivanova découvrent Varn un extraterrestre. Mais celui-ci est vieux et fatigué et c'est pour cette raison que la machine n'arrive plus à contrôler l'activité d'Epsilon 3. Pendant ce temps, Garibaldi essaie de joindre sur Mars son ancienne petite amie Lise Hampton, afin de s'assurer qu'elle n'a pas été tuée dans les émeutes qui viennent de s'y dérouler. L'ambassadeur Delenn reçoit la visite de son vieil ami et mentor Draal: celui-ci est venu jusqu'à Babylon 5 pour lui dire au revoir...